一、研究背景随着人类基因组测序计划的完成，以转录组学 (transcriptomics) 和蛋白质组学 (proteomics) 为核心内容的后基因组学，即功能基因组学（functional genomics) 成为本世纪的研究重点。
而大规模高通量DNA测序技术的发展，彻底改变了传统遗传学的研究方式，由对散布于基因组的遗传标记的研究，转变为基因组全部信息的深度解析。
1、比较基因组学研究进展比较基因组学是利用某些基因组图谱和测序获得的信息推测其他生物基因组的基因数目、位置、功能、表达机制和物种进化的学科。
比较基因组学的发展与序列数据的积累密切相关，目前该学科己经成为研究生物基因组的最主要手段之一。
随着基因组图谱和测序技术以及计算机技术的发展，利用已知的序列信息，通过一定的数理推断，可以得到具有亲缘关系物种基因组序列的相关信息。
不同物种在核苷酸序列的组成、密码子的使用偏好、生物系统进化关系、同线性关系以及基因排列顺序方面的异同等，都可以通过基因组序列的比对获得。
目前网络上存在许多十分有用的生物信息学资源，如DNA总数据库(GenBank)、DNA和RNA序列库(EMBL)、曲霉属数据库（ASPGD）等。
分析软件也相对成熟，如常用于序列比对的工具 blast、全基因组比对软件 mummer等，这些软件的应用极大地提高了比较基因组学的分析效率以及准确率。
利用这些序列比对工具，种间的比较基因组学能够让人们了解物种间在基因组结构上的差异，发现基因的功能、物种的进化关系，以及进行功能基因的克隆。
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